--- Makefile.orig	2014-08-22 20:02:24 UTC
+++ Makefile
@@ -1,8 +1,19 @@
-CXX = g++
-CC = g++
+CXX	?= g++
+LD	= ${CXX}
 
-sam2pairwise:		sam2pairwise.o isolate_md.o shift_cigar.o shift_md.o translate_cigar.o translate_md.o 
+OBJS	= sam2pairwise.o isolate_md.o shift_cigar.o shift_md.o \
+	translate_cigar.o translate_md.o 
 
+PREFIX	?= /usr/local
+DESTDIR	?= .
+INSTALL	?= install
+MKDIR	?= mkdir
+
+all:	sam2pairwise
+
+sam2pairwise:	${OBJS}
+	${CXX} ${OBJS} -o sam2pairwise
+
 isolate_md.o:		isolate_md.cc isolate_md.hh
 
 shift_cigar.o:		shift_cigar.cc shift_cigar.hh
@@ -15,6 +26,11 @@ translate_md.o:		translate_md.cc translate_md.hh
 
 sam2pairwise.o:		sam2pairwise.cc isolate_md.hh shift_cigar.hh shift_md.hh translate_cigar.hh translate_md.hh
 
-clobber:
-	rm -f *.o core sam2pairwise
+.PHONY:	install clean
 
+install:
+	${MKDIR} -p ${DESTDIR}${PREFIX}/bin
+	${INSTALL} -c sam2pairwise ${DESTDIR}${PREFIX}/bin
+
+clean:
+	rm -f *.o core sam2pairwise