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| -rw-r--r-- | biology/p5-bioperl/Makefile | 78 |
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diff --git a/biology/p5-bioperl/Makefile b/biology/p5-bioperl/Makefile index 256e1b4acc5a..669216b4f0b8 100644 --- a/biology/p5-bioperl/Makefile +++ b/biology/p5-bioperl/Makefile @@ -6,8 +6,7 @@ # PORTNAME= bioperl -PORTVERSION= 0.7.1 -PORTREVISION= 1 +PORTVERSION= 0.7.2 CATEGORIES= biology perl5 MASTER_SITES= ftp://bioperl.org/pub/DIST/ \ http://bioperl.org/Core/Latest/ \ @@ -74,13 +73,18 @@ MAN3= Bio::AlignIO.3 Bio::AlignIO::bl2seq.3 \ Bio::AlignIO::clustalw.3 Bio::AlignIO::fasta.3 \ Bio::AlignIO::mase.3 Bio::AlignIO::msf.3 Bio::AlignIO::pfam.3 \ Bio::AlignIO::prodom.3 Bio::AlignIO::selex.3 \ - Bio::AlignIO::stockholm.3 Bio::DB::GDB.3 \ - Bio::DB::NCBIHelper.3 Bio::DB::SwissProt.3 \ + Bio::AlignIO::stockholm.3 Bio::Annotation.3 \ + Bio::Annotation::Comment.3 Bio::Annotation::DBLink.3 \ + Bio::Annotation::Reference.3 Bio::DB::Ace.3 Bio::DB::GDB.3 \ + Bio::DB::GenBank.3 Bio::DB::GenPept.3 Bio::DB::NCBIHelper.3 \ + Bio::DB::RandomAccessI.3 Bio::DB::SeqI.3 Bio::DB::SwissProt.3 \ Bio::DB::UpdateableSeqI.3 Bio::DB::WebDBSeqI.3 \ Bio::DBLinkContainerI.3 Bio::Factory::DriverFactory.3 \ Bio::Factory::SeqAnalysisParserFactory.3 \ Bio::Factory::SeqAnalysisParserFactoryI.3 \ - Bio::Index::GenBank.3 Bio::Index::Swissprot.3 \ + Bio::Index::Abstract.3 Bio::Index::AbstractSeq.3 \ + Bio::Index::EMBL.3 Bio::Index::Fasta.3 Bio::Index::GenBank.3 \ + Bio::Index::SwissPfam.3 Bio::Index::Swissprot.3 \ Bio::LiveSeq::AARange.3 Bio::LiveSeq::Chain.3 \ Bio::LiveSeq::ChainI.3 Bio::LiveSeq::DNA.3 \ Bio::LiveSeq::Exon.3 Bio::LiveSeq::Gene.3 \ @@ -90,39 +94,61 @@ MAN3= Bio::AlignIO.3 Bio::AlignIO::bl2seq.3 \ Bio::LiveSeq::Prim_Transcript.3 Bio::LiveSeq::Range.3 \ Bio::LiveSeq::Repeat_Region.3 Bio::LiveSeq::Repeat_Unit.3 \ Bio::LiveSeq::SeqI.3 Bio::LiveSeq::Transcript.3 \ - Bio::LiveSeq::Translation.3 \ + Bio::LiveSeq::Translation.3 Bio::LocatableSeq.3 \ Bio::Location::AvWithinCoordPolicy.3 \ Bio::Location::CoordinatePolicyI.3 Bio::Location::Fuzzy.3 \ Bio::Location::FuzzyLocationI.3 \ Bio::Location::NarrowestCoordPolicy.3 Bio::Location::Simple.3 \ Bio::Location::Split.3 Bio::Location::SplitLocationI.3 \ Bio::Location::WidestCoordPolicy.3 Bio::LocationI.3 \ - Bio::Root::IO.3 Bio::Seq::LargePrimarySeq.3 \ - Bio::Seq::LargeSeq.3 Bio::Seq::RichSeq.3 Bio::Seq::RichSeqI.3 \ - Bio::SeqAnalysisParserI.3 Bio::SeqFeature::Gene::Exon.3 \ - Bio::SeqFeature::Gene::ExonI.3 \ + Bio::PrimarySeq.3 Bio::PrimarySeqI.3 Bio::Range.3 \ + Bio::RangeI.3 Bio::Root::Err.3 Bio::Root::Global.3 \ + Bio::Root::IO.3 Bio::Root::IOManager.3 Bio::Root::Object.3 \ + Bio::Root::RootI.3 Bio::Root::Utilities.3 Bio::Root::Vector.3 \ + Bio::Root::Xref.3 Bio::SearchDist.3 Bio::Seq.3 \ + Bio::Seq::LargePrimarySeq.3 Bio::Seq::LargeSeq.3 \ + Bio::Seq::RichSeq.3 Bio::Seq::RichSeqI.3 \ + Bio::SeqAnalysisParserI.3 Bio::SeqFeature::FeaturePair.3 \ + Bio::SeqFeature::Gene::Exon.3 Bio::SeqFeature::Gene::ExonI.3 \ Bio::SeqFeature::Gene::GeneStructure.3 \ Bio::SeqFeature::Gene::GeneStructureI.3 \ Bio::SeqFeature::Gene::Transcript.3 \ Bio::SeqFeature::Gene::TranscriptI.3 \ - Bio::SeqFeature::Similarity.3 \ - Bio::SeqFeature::SimilarityPair.3 Bio::SeqIO::ace.3 \ - Bio::SeqIO::game.3 Bio::SeqIO::largefasta.3 Bio::SeqUtils.3 \ - Bio::Tools::AnalysisResult.3 Bio::Tools::BPbl2seq.3 \ - 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