blob: 7affa42f5e08f3ad583593a3b4bccbe8e30dae77 (
plain) (
blame)
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
|
# Created by: Aaron Dalton <aaron@FreeBSD.org>
# $FreeBSD$
PORTNAME= Bio-Phylo
PORTVERSION= 0.56
CATEGORIES= biology perl5
MASTER_SITES= CPAN
PKGNAMEPREFIX= p5-
MAINTAINER= perl@FreeBSD.org
COMMENT= Phylogenetic analysis using Perl
LICENSE= ART10 GPLv1
LICENSE_COMB= dual
BUILD_DEPENDS= p5-GD>=0:${PORTSDIR}/graphics/p5-GD \
p5-Math-CDF>=0:${PORTSDIR}/math/p5-Math-CDF \
p5-Math-Random>=0:${PORTSDIR}/math/p5-Math-Random \
p5-PDF-API2>=0:${PORTSDIR}/textproc/p5-PDF-API2 \
p5-SVG>=0:${PORTSDIR}/textproc/p5-SVG \
p5-SWF-Builder>=0:${PORTSDIR}/graphics/p5-SWF-Builder \
p5-XML-LibXML>=0:${PORTSDIR}/textproc/p5-XML-LibXML \
p5-XML-Twig>=0:${PORTSDIR}/textproc/p5-XML-Twig \
p5-XML-XML2JSON>=0:${PORTSDIR}/textproc/p5-XML-XML2JSON \
p5-bioperl>=0:${PORTSDIR}/biology/p5-bioperl \
p5-libxml>=0:${PORTSDIR}/textproc/p5-libxml
RUN_DEPENDS:= ${BUILD_DEPENDS}
TEST_DEPENDS= p5-JSON>=0:${PORTSDIR}/converters/p5-JSON
PERL_CONFIGURE= yes
MAN3= Bio::Phylo.3 \
Bio::Phylo::EvolutionaryModels.3 \
Bio::Phylo::Factory.3 \
Bio::Phylo::Forest.3 \
Bio::Phylo::Forest::DrawNode.3 \
Bio::Phylo::Forest::DrawTree.3 \
Bio::Phylo::Forest::Node.3 \
Bio::Phylo::Forest::NodeRole.3 \
Bio::Phylo::Forest::Tree.3 \
Bio::Phylo::Forest::TreeRole.3 \
Bio::Phylo::Generator.3 \
Bio::Phylo::IO.3 \
Bio::Phylo::Identifiable.3 \
Bio::Phylo::Listable.3 \
Bio::Phylo::ListableRole.3 \
Bio::Phylo::Manual.3 \
Bio::Phylo::Matrices.3 \
Bio::Phylo::Matrices::Character.3 \
Bio::Phylo::Matrices::Characters.3 \
Bio::Phylo::Matrices::Datatype.3 \
Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Continuous.3 \
Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Custom.3 \
Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Dna.3 \
Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Illumina.3 \
Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Mixed.3 \
Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Protein.3 \
Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Restriction.3 \
Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Rna.3 \
Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Sanger.3 \
Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Solexa.3 \
Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Standard.3 \
Bio::Phylo::Matrices::Datum.3 \
Bio::Phylo::Matrices::DatumRole.3 \
Bio::Phylo::Matrices::Matrix.3 \
Bio::Phylo::Matrices::MatrixRole.3 \
Bio::Phylo::Matrices::TypeSafeData.3 \
Bio::Phylo::Mediators::TaxaMediator.3 \
Bio::Phylo::NeXML::DOM.3 \
Bio::Phylo::NeXML::DOM::Document.3 \
Bio::Phylo::NeXML::DOM::Document::Libxml.3 \
Bio::Phylo::NeXML::DOM::Document::Twig.3 \
Bio::Phylo::NeXML::DOM::Element.3 \
Bio::Phylo::NeXML::DOM::Element::Libxml.3 \
Bio::Phylo::NeXML::DOM::Element::Twig.3 \
Bio::Phylo::NeXML::Entities.3 \
Bio::Phylo::NeXML::Meta.3 \
Bio::Phylo::NeXML::Meta::XMLLiteral.3 \
Bio::Phylo::NeXML::Writable.3 \
Bio::Phylo::Parsers::Abstract.3 \
Bio::Phylo::Parsers::Adjacency.3 \
Bio::Phylo::Parsers::Fasta.3 \
Bio::Phylo::Parsers::Fastq.3 \
Bio::Phylo::Parsers::Figtree.3 \
Bio::Phylo::Parsers::Json.3 \
Bio::Phylo::Parsers::Newick.3 \
Bio::Phylo::Parsers::Nexml.3 \
Bio::Phylo::Parsers::Nexus.3 \
Bio::Phylo::Parsers::Phylip.3 \
Bio::Phylo::Parsers::Phyloxml.3 \
Bio::Phylo::Parsers::Table.3 \
Bio::Phylo::Parsers::Taxlist.3 \
Bio::Phylo::Parsers::Tnrs.3 \
Bio::Phylo::Parsers::Tolweb.3 \
Bio::Phylo::Parsers::Ubiocbmeta.3 \
Bio::Phylo::Parsers::Ubiometa.3 \
Bio::Phylo::Parsers::Ubiosearch.3 \
Bio::Phylo::PhyloWS.3 \
Bio::Phylo::PhyloWS::Client.3 \
Bio::Phylo::PhyloWS::Resource.3 \
Bio::Phylo::PhyloWS::Resource::Description.3 \
Bio::Phylo::PhyloWS::Service.3 \
Bio::Phylo::PhyloWS::Service::Timetree.3 \
Bio::Phylo::PhyloWS::Service::Tolweb.3 \
Bio::Phylo::PhyloWS::Service::UbioClassificationBank.3 \
Bio::Phylo::PhyloWS::Service::UbioNameBank.3 \
Bio::Phylo::Project.3 \
Bio::Phylo::Set.3 \
Bio::Phylo::Taxa.3 \
Bio::Phylo::Taxa::TaxaLinker.3 \
Bio::Phylo::Taxa::Taxon.3 \
Bio::Phylo::Taxa::TaxonLinker.3 \
Bio::Phylo::Treedrawer.3 \
Bio::Phylo::Treedrawer::Abstract.3 \
Bio::Phylo::Treedrawer::Canvas.3 \
Bio::Phylo::Treedrawer::Gif.3 \
Bio::Phylo::Treedrawer::Jpeg.3 \
Bio::Phylo::Treedrawer::Pdf.3 \
Bio::Phylo::Treedrawer::Png.3 \
Bio::Phylo::Treedrawer::Processing.3 \
Bio::Phylo::Treedrawer::Svg.3 \
Bio::Phylo::Treedrawer::Swf.3 \
Bio::Phylo::Unparsers::Abstract.3 \
Bio::Phylo::Unparsers::Adjacency.3 \
Bio::Phylo::Unparsers::Cdao.3 \
Bio::Phylo::Unparsers::Fasta.3 \
Bio::Phylo::Unparsers::Hennig86.3 \
Bio::Phylo::Unparsers::Html.3 \
Bio::Phylo::Unparsers::Json.3 \
Bio::Phylo::Unparsers::Mrp.3 \
Bio::Phylo::Unparsers::Newick.3 \
Bio::Phylo::Unparsers::Nexml.3 \
Bio::Phylo::Unparsers::Nexus.3 \
Bio::Phylo::Unparsers::Pagel.3 \
Bio::Phylo::Unparsers::Phylip.3 \
Bio::Phylo::Unparsers::Phyloxml.3 \
Bio::Phylo::Unparsers::Rss1.3 \
Bio::Phylo::Unparsers::Taxlist.3 \
Bio::Phylo::Util::CONSTANT.3 \
Bio::Phylo::Util::CONSTANT::Int.3 \
Bio::Phylo::Util::Dependency.3 \
Bio::Phylo::Util::Exceptions.3 \
Bio::Phylo::Util::IDPool.3 \
Bio::Phylo::Util::Logger.3 \
Bio::Phylo::Util::MOP.3 \
Bio::Phylo::Util::OptionalInterface.3 \
Bio::Phylo::Util::StackTrace.3 \
Bio::PhyloRole.3
post-patch:
@${REINPLACE_CMD} -e '/NAME/ s|Bio-Phylo|Bio::Phylo|' ${WRKSRC}/Makefile.PL
.include <bsd.port.mk>
|
