1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
|
--- mapm/maps.c.orig 1993-02-09 16:35:03 UTC
+++ mapm/maps.c
@@ -592,7 +592,7 @@ MAP *map;
clean_map(map);
- fgetln(fp);
+ fgetln_(fp);
if (!nstoken(&ln,sREQUIRED,name,NAME_LEN+1) || name[0]!='*' ||
sscanf(ln,"%d %d %d %d %lf",&num_loci,&unlink,&sex,&errors,&like)!=5)
baddata("expected *chrom-name # # # #");
@@ -603,31 +603,31 @@ MAP *map;
strcpy(map->map_name,name+1); map->allow_errors= errors;
map->num_loci=num_loci; map->log_like=like;
- fgetln(fp);
+ fgetln_(fp);
for (i=0; i<num_loci; i++) {
- if (nullstr(ln)) fgetln(fp);
+ if (nullstr(ln)) fgetln_(fp);
if (!itoken(&ln,iREQUIRED,&num)) send(CRASH);
map->locus[i]=num;
}
- fgetln(fp);
+ fgetln_(fp);
for (i=0; i<num_loci-1; i++) {
- if (nullstr(ln)) fgetln(fp);
+ if (nullstr(ln)) fgetln_(fp);
if (!rtoken(&ln,rREQUIRED,&rnum)) send(CRASH);
map->rec_frac[i][MALE]=rnum;
}
if (raw.data_type==CEPH && sex) {
- fgetln(fp);
+ fgetln_(fp);
for(i=0; i<num_loci-1; i++) {
- if (nullstr(ln)) fgetln(fp);
+ if (nullstr(ln)) fgetln_(fp);
if (!rtoken(&ln,rREQUIRED,&rnum)) send(CRASH);
map->rec_frac[i][FEMALE]=rnum;
}
} else for (i=0; i<num_loci-1; i++) map->rec_frac[i][FEMALE]=0.0;
- fgetln(fp);
+ fgetln_(fp);
for(i=0; i<num_loci-1; i++) {
- if (nullstr(ln)) fgetln(fp);
+ if (nullstr(ln)) fgetln_(fp);
if (!itoken(&ln,iREQUIRED,&num)) send(CRASH);
map->fix_interval[i]=num;
}
@@ -637,7 +637,7 @@ MAP *map;
matrix(map->error_lod,map->max_loci,raw.data.f2.num_indivs,real);
}
for (i=0; i<map->num_loci; i++) {
- fgetln(fp);
+ fgetln_(fp);
if (!stoken(&ln,sREQUIRED,str) || !streq(str,"errors"))
send(CRASH);
if (!rtoken(&ln,rREQUIRED,&rnum)) send(CRASH);
@@ -646,9 +646,9 @@ MAP *map;
for(j=0; j<raw.data.f2.num_indivs; j++)
map->error_lod[i][j]= 0.0;
} else {
- fgetln(fp);
+ fgetln_(fp);
for (j=0; j<raw.data.f2.num_indivs; j++) {
- if (nullstr(ln)) fgetln(fp);
+ if (nullstr(ln)) fgetln_(fp);
if (!rtoken(&ln,rREQUIRED,&rnum)) send(CRASH);
map->error_lod[i][j]=rnum;
}
|
