biology/seqtools: 4.42.1 -> 4.43.0

  ftp://ftp.sanger.ac.uk/pub4/resources/software/seqtools/PRODUCTION/release_notes.html

- Mark broken on 9.x: Fails to build due to C++ std issues

3 files changed, 227 insertions, 17 deletions

diff --git a/biology/seqtools/Makefile b/biology/seqtools/Makefile
index 43f6c87723bf..6e2a936c9200 100644
--- a/biology/seqtools/Makefile
+++ b/biology/seqtools/Makefile
@@ -1,7 +1,7 @@
 # $FreeBSD$
 
 PORTNAME=	seqtools
-PORTVERSION=	4.42.1
+PORTVERSION=	4.43.0
 CATEGORIES=	biology
 MASTER_SITES=	ftp://ftp.sanger.ac.uk/pub4/resources/software/seqtools/PRODUCTION/
 
@@ -11,12 +11,16 @@ COMMENT=	Tools for visualising sequence alignments
 LICENSE=	GPLv3
 
 LIB_DEPENDS=	libcurl.so:ftp/curl \
-		libsqlite3.so:databases/sqlite3
+		libsqlite3.so:databases/sqlite3 \
+		libfontconfig.so:x11-fonts/fontconfig \
+		libfreetype.so:print/freetype2
 
-USES=		compiler:c++14-lang execinfo libtool pkgconfig
+BROKEN_FreeBSD_9=	Fails to build due to C++ std issues
+
+USES=		compiler:c++14-lang execinfo gettext libtool pkgconfig
 GNU_CONFIGURE=	yes
-#USE_GCC=	any
-USE_GNOME=	gtk20
+USE_GNOME=	cairo gdkpixbuf2 gtk20
+USE_XORG=	x11
 CFLAGS+=	-I${LOCALBASE}/include
 LDFLAGS+=	-L${LOCALBASE}/lib -lexecinfo -lcurl -lsqlite3 -lm
 MAKE_JOBS_UNSAFE=	yes
diff --git a/biology/seqtools/distinfo b/biology/seqtools/distinfo
index 8da34000308f..d807537f46fc 100644
--- a/biology/seqtools/distinfo
+++ b/biology/seqtools/distinfo
@@ -1,2 +1,3 @@
-SHA256 (seqtools-4.42.1.tar.gz) = 5b3f7f5f213f47d72c7b2070ff94d0e5ca31a5be8b4558492d45e7dbbfad774b
-SIZE (seqtools-4.42.1.tar.gz) = 5847308
+TIMESTAMP = 1469510431
+SHA256 (seqtools-4.43.0.tar.gz) = 01861098451eab001d49a039e60ddc6df22a61a7472924c850942ffdae396c8b
+SIZE (seqtools-4.43.0.tar.gz) = 6862548
diff --git a/biology/seqtools/pkg-plist b/biology/seqtools/pkg-plist
index 57c069cd6be3..a8e064fb6c53 100644
--- a/biology/seqtools/pkg-plist
+++ b/biology/seqtools/pkg-plist
@@ -1,13 +1,3 @@
-bin/belvu
-bin/blixem
-bin/blixemh
-bin/dotter
-include/gbtools/gbtools.hpp
-include/gbtools/gbtoolsCurl.hpp
-include/gbtools/gbtoolsGUI.hpp
-include/gbtools/gbtoolsPfetch.hpp
-include/gbtools/gbtoolsUtils.hpp
-lib/libgbtools.a
 %%PORTDOCS%%%%DOCSDIR%%/Belvu_manual.pdf
 %%PORTDOCS%%%%DOCSDIR%%/Blixem_manual.pdf
 %%PORTDOCS%%%%DOCSDIR%%/Dotter_manual.pdf
@@ -19,3 +9,218 @@ lib/libgbtools.a
 %%PORTDOCS%%%%DOCSDIR%%/dotter_usage.txt
 %%PORTDOCS%%%%DOCSDIR%%/release_notes.html
 %%PORTDOCS%%%%DOCSDIR%%/todo.html
+bin/belvu
+bin/blixem
+bin/blixemh
+bin/dotter
+include/blatSrc/ace.h
+include/blatSrc/aliType.h
+include/blatSrc/annoAssembly.h
+include/blatSrc/annoFilter.h
+include/blatSrc/annoFormatTab.h
+include/blatSrc/annoFormatter.h
+include/blatSrc/annoGrateWig.h
+include/blatSrc/annoGrator.h
+include/blatSrc/annoGratorQuery.h
+include/blatSrc/annoOption.h
+include/blatSrc/annoRow.h
+include/blatSrc/annoStreamBigBed.h
+include/blatSrc/annoStreamBigWig.h
+include/blatSrc/annoStreamTab.h
+include/blatSrc/annoStreamVcf.h
+include/blatSrc/annoStreamer.h
+include/blatSrc/apacheLog.h
+include/blatSrc/asParse.h
+include/blatSrc/axt.h
+include/blatSrc/bPlusTree.h
+include/blatSrc/bamFile.h
+include/blatSrc/bandExt.h
+include/blatSrc/base64.h
+include/blatSrc/basicBed.h
+include/blatSrc/bbiFile.h
+include/blatSrc/bigBed.h
+include/blatSrc/bigWig.h
+include/blatSrc/binRange.h
+include/blatSrc/bits.h
+include/blatSrc/blastParse.h
+include/blatSrc/boxClump.h
+include/blatSrc/boxLump.h
+include/blatSrc/bwgInternal.h
+include/blatSrc/cda.h
+include/blatSrc/cgi_build_rules.mk
+include/blatSrc/chain.h
+include/blatSrc/chainBlock.h
+include/blatSrc/chainConnect.h
+include/blatSrc/chainToAxt.h
+include/blatSrc/chainToPsl.h
+include/blatSrc/cheapcgi.h
+include/blatSrc/cirTree.h
+include/blatSrc/codebias.h
+include/blatSrc/common.h
+include/blatSrc/common.mk
+include/blatSrc/correlate.h
+include/blatSrc/crTree.h
+include/blatSrc/crudeali.h
+include/blatSrc/diGraph.h
+include/blatSrc/diGraph.h.97
+include/blatSrc/dlist.h
+include/blatSrc/dnaLoad.h
+include/blatSrc/dnaMarkov.h
+include/blatSrc/dnaMotif.h
+include/blatSrc/dnaseq.h
+include/blatSrc/dnautil.h
+include/blatSrc/dtdParse.h
+include/blatSrc/dyOut.h
+include/blatSrc/dystring.h
+include/blatSrc/elmTree.h
+include/blatSrc/emblParse.h
+include/blatSrc/ens.h
+include/blatSrc/errAbort.h
+include/blatSrc/errCatch.h
+include/blatSrc/fa.h
+include/blatSrc/fieldedTable.h
+include/blatSrc/filePath.h
+include/blatSrc/flydna.h
+include/blatSrc/fof.h
+include/blatSrc/fq.h
+include/blatSrc/fuzzyFind.h
+include/blatSrc/gapCalc.h
+include/blatSrc/gdf.h
+include/blatSrc/genoFind.h
+include/blatSrc/genomeRangeTree.h
+include/blatSrc/gfClientLib.h
+include/blatSrc/gfPcrLib.h
+include/blatSrc/gfWebLib.h
+include/blatSrc/gff.h
+include/blatSrc/gff3.h
+include/blatSrc/gfxPoly.h
+include/blatSrc/gifLabel.h
+include/blatSrc/hacTree.h
+include/blatSrc/hash.h
+include/blatSrc/hex.h
+include/blatSrc/hgGene.h
+include/blatSrc/hgap.h
+include/blatSrc/hgdb.h
+include/blatSrc/histogram.h
+include/blatSrc/hmac.h
+include/blatSrc/hmmPfamParse.h
+include/blatSrc/hmmstats.h
+include/blatSrc/htmlPage.h
+include/blatSrc/htmshell.h
+include/blatSrc/https.h
+include/blatSrc/intValTree.h
+include/blatSrc/internet.h
+include/blatSrc/itsa.h
+include/blatSrc/iupac.h
+include/blatSrc/jointalign.h
+include/blatSrc/jpegSize.h
+include/blatSrc/jsonParse.h
+include/blatSrc/jsonWrite.h
+include/blatSrc/keys.h
+include/blatSrc/knetUdc.h
+include/blatSrc/kxTok.h
+include/blatSrc/linefile.h
+include/blatSrc/localEnvironment.mk
+include/blatSrc/localmem.h
+include/blatSrc/log.h
+include/blatSrc/longToList.h
+include/blatSrc/maDbRep.h
+include/blatSrc/maToFf.h
+include/blatSrc/maf.h
+include/blatSrc/mailViaPipe.h
+include/blatSrc/md5.h
+include/blatSrc/memalloc.h
+include/blatSrc/memgfx.h
+include/blatSrc/meta.h
+include/blatSrc/metaWig.h
+include/blatSrc/mime.h
+include/blatSrc/net.h
+include/blatSrc/nib.h
+include/blatSrc/nibTwo.h
+include/blatSrc/nt4.h
+include/blatSrc/obscure.h
+include/blatSrc/oldGff.h
+include/blatSrc/oligoTm.h
+include/blatSrc/ooc.h
+include/blatSrc/options.h
+include/blatSrc/pairDistance.h
+include/blatSrc/pairHmm.h
+include/blatSrc/paraFetch.h
+include/blatSrc/patSpace.h
+include/blatSrc/peakCluster.h
+include/blatSrc/phyloTree.h
+include/blatSrc/pipeline.h
+include/blatSrc/portable.h
+include/blatSrc/psGfx.h
+include/blatSrc/psPoly.h
+include/blatSrc/pscmGfx.h
+include/blatSrc/psl.h
+include/blatSrc/pslTbl.h
+include/blatSrc/pslTransMap.h
+include/blatSrc/pthreadDoList.h
+include/blatSrc/pthreadWrap.h
+include/blatSrc/qa.h
+include/blatSrc/quickHeap.h
+include/blatSrc/quotedP.h
+include/blatSrc/ra.h
+include/blatSrc/raToStruct.h
+include/blatSrc/rainbow.h
+include/blatSrc/rangeTree.h
+include/blatSrc/rbTree.h
+include/blatSrc/regexHelper.h
+include/blatSrc/repMask.h
+include/blatSrc/rle.h
+include/blatSrc/rnautil.h
+include/blatSrc/rql.h
+include/blatSrc/rudp.h
+include/blatSrc/scoreWindow.h
+include/blatSrc/seg.h
+include/blatSrc/seqOut.h
+include/blatSrc/seqStats.h
+include/blatSrc/shaRes.h
+include/blatSrc/sig.h
+include/blatSrc/slog.h
+include/blatSrc/snof.h
+include/blatSrc/snofmake.h
+include/blatSrc/spaceSaver.h
+include/blatSrc/spacedColumn.h
+include/blatSrc/spacedSeed.h
+include/blatSrc/splatAli.h
+include/blatSrc/splix.h
+include/blatSrc/sqlList.h
+include/blatSrc/sqlNum.h
+include/blatSrc/subText.h
+include/blatSrc/sufa.h
+include/blatSrc/sufx.h
+include/blatSrc/supStitch.h
+include/blatSrc/synQueue.h
+include/blatSrc/tabRow.h
+include/blatSrc/textOut.h
+include/blatSrc/tokenizer.h
+include/blatSrc/trans3.h
+include/blatSrc/trix.h
+include/blatSrc/twoBit.h
+include/blatSrc/udc.h
+include/blatSrc/unfin.h
+include/blatSrc/userApp.mk
+include/blatSrc/vGfx.h
+include/blatSrc/vcf.h
+include/blatSrc/vcfBits.h
+include/blatSrc/verbose.h
+include/blatSrc/wormdna.h
+include/blatSrc/xAli.h
+include/blatSrc/xa.h
+include/blatSrc/xap.h
+include/blatSrc/xenalign.h
+include/blatSrc/xmlEscape.h
+include/blatSrc/xp.h
+include/blatSrc/zlibFace.h
+include/gbtools/gbtools.hpp
+include/gbtools/gbtoolsCurl.hpp
+include/gbtools/gbtoolsGUI.hpp
+include/gbtools/gbtoolsPfetch.hpp
+include/gbtools/gbtoolsTrackhub.hpp
+include/gbtools/gbtoolsUtils.hpp
+include/json/json-forwards.h
+include/json/json.h
+lib/libgbtools.a